Конечно можно.
Все настройки сохраняются в файле pup_save.2fs, который можно найти по относительному пути /mnt/home, а физически он находится там, где вы его сохраняли. Можно его для перестраховки скинуть куда-нибудь. Для экономии места даже заархивировать.
Потом загрузиться с CD с той версией, которая вам нужна и скопировать с CD на флэшку (или на HDD, если Puppy там) файл pup_xxx.sfs, заменив старый файл (его можно тоже куда-нибудь скопировать). xxx — номер версии.
Удачи!